文章标题：蜱螨线粒体基因组串联重复序列DNA的分布与进化特征分析

文章作者：祝 银，李 一，蒋诗蝶，王进军，魏丹丹
关 键 词：真螨目；寄螨目；微卫星；基因组进化；线粒体复合体
文章摘要：

摘  要  【目的】 本研究旨在明确蜱螨线粒体基因组（mtDNA）串联重复序列（微卫星和长串联重复DNA）的分布规律和进化特征，为开发蜱螨分子标记和研究线粒体微卫星的功能提供基础数据。【方法】 采用Microsatellite identification tool（MISA）和Tandem repeat finder等本地软件发掘蜱螨线粒体基因组串联重复序列DNA，分析其组成类型、分布规律和进化特征。【结果】 本研究基于37科217种蜱螨线粒体基因组，鉴定获得1 454个完美型线粒体微卫星（mtSSRs）和96个复合型微卫星。其中，完美型mtSSRs包含271个单碱基微卫星（SSR1）、127个双碱基微卫星（SSR2）、517个三碱基微卫星（SSR3）、323个四碱基微卫星（SSR4）、75个五碱基微卫星（SSR5）以及46个六碱基微卫星（SSR6）。分析发现，随着微卫星核心重复碱基数目的增加，其重复次数范围逐渐变小。蜱螨大多数mtSSRs倾向分布于线粒体电子传递链复合体Ⅰ所编码的nad4和nad5基因之中。同时，本文鉴定获得167个长串联重复序列（核心重复碱基数>6 bp），且50.3%分布于蛋白编码区。但核心重复基序较长的片段类型主要分布在特定物种的AT控制区。此外，革蜱属Dermacentor多数物种的线粒体基因组含有2个长串联重复序列区域。【结论】 蜱螨线粒体基因组中三碱基微卫星和四碱基微卫星的数量最为丰富，且多分布于线粒体蛋白编码区域。同时，蜱螨线粒体微卫星存在长度多态性，且微卫星的变异与某些蜱虫的生物学特性密切相关。革蜱属近缘种间的线粒体基因组近期可能经历了复制、删除或重组事件。总之，本研究发掘的线粒体串联重复序列将为蜱螨物种鉴定、种群遗传多样性以及分子系统进化研究提供丰富的分子标记。