文章标题：杨扇舟蛾颗粒体病毒晚期表达因子的分析

文章作者：梁振普** 赵晨光 张小霞*** 王彩平 吴 慧 桑思瑶
关 键 词： 杨扇舟蛾颗粒体病毒，lefs，启动子，复制，转录
文章摘要：

【目的】 本研究对杨扇舟蛾颗粒体病毒（Clostera anachoreta granulovirus ，ClanGV）的晚期表达因子（Late expression factors，LEFs）进行生物信息学分析，并对ClanGV的lefs与其它杆状病毒的lefs进行对比，对鉴定lef基因和研究ClanGV的感染机制具有重要意义。【方法】 使用ORF finder在线程序进行开放阅读框（ORFs）分析，BLASTP程序用于蛋白序列的同源分析，DNAStar和DNAClub生物学软件用于对序列进行处理和分析，采用BLAST在公共数据库中对序列进行比对，Clustal W Version 1.8 和 GeneDoc 2.7用于多序列的比对和分析，用MEGA 6.06的NJ法进行系统发育分析。【结果】 ClanGV基因组包括15个lef基因，分别为ie-1、lef-2、39k、lef-11、p35、p47、lef-1、lef-6、lef-5、lef-4、dnapol、lef-3、lef-9、lef-8 和 lef-10。ClanGV与云杉枞色卷蛾颗粒体病毒（Choristoneura occidentalis granulovirus，CoGV）、黄地老虎颗粒体病毒（Agrotis segetum granulovirus，AsGV）、苹果异形小卷蛾颗粒体病毒（Cryptophlebia leucotreta granulovirus，ClGV）、马铃薯块茎蛾颗粒体病毒（Phthorimaea operculella granulovirus，PoGV）和苹果蠹蛾颗粒体病毒（Cydia pomonella granulovirus，CpGV）有着较近的亲缘关系。颗粒体病毒中只有ClanGV和分月扇舟蛾颗粒体病毒含有p35。ClanGV的lef-2的转录方向不同于其它12个颗粒体病毒。γ和δ杆状病毒分别只含有7个和3个ClanGV的lef同源基因。Clan GV的lefs跟其它杆状病毒lefs的相似性较低，其中ClanGV与其它颗粒体病毒间的相似性高于Clan GV与核型多角体病毒间的相似性。Clan GV的lef-2、39k、p35、lef-5、dnapol和 lef-9在启动子上游拥有TATA box；p47和lef-1在TATA下游20~40 bp处还有一个CACT 基序；lef-11、p35、lef-6、lef-5、lef-3、lef-9、lef-8和 lef-10这8个基因有晚期启动子基序TAAG；而p35、lef-5、lef-9 和lef-10上游既有TATA 又有 TAAG基序。【结论】 结果为研究杆状病毒的基因功能和感染机制提供了数据基础。