文章标题：星天牛转录组SSR位点特征分析

文章作者：韩小红；王伊凡；卢赐鼎；林浩宇；是雨霏；何 欢；张飞萍；梁光红
关 键 词：星天牛；转录组；微卫星；重复类型；重复基元；引物
文章摘要：

【目的】 为了获得星天牛Anoplophora chinensis的SSR位点信息并开发其SSR分子标记技术，进一步为其遗传多样性以及综合治理提供理论依据。【方法】 利用MISA软件，对星天牛转录组数据进行简单重复序列（SSR）位点筛选与分析；使用Primer 3软件设计引物，采用PCR扩增以及电泳检测，筛选SSR引物，开发星天牛SSR分子标记技术。【结果】 在9 325条unigene序列中共挖掘到2 360个SSR位点，出现频率为25.31%，涉及SSR位点序列1 758条，发生频率为18.85%。星天牛转录组中SSR的主要重复类型为单碱基重复，其次是三碱基重复，分别占总数的79.03%、12.54%。在核苷酸重复类型中，A/T基元种类数目最多，所占比例高达99.30%。SSR长度为10-11 bp的占比最高，为56.10%；重复次数为10次的数量最多，SSR位点数为1 188（50.34%）。重复次数和长度的分析结果对SSR位点的多态性获得了初步验证。在随机挑选序列设计的60对引物中，53对扩增产物达到预期大小，候选引物可用率高达88%，可在今后的研究中利用。【结论】 本文对星天牛SSR 位点的信息分析以及引物的设计与验证将有助于星天牛基因挖掘、种群遗传结构、遗传多样性、进化关系和综合治理的研究。