越来越多的研究表明，共生菌与昆虫的抗药性存在一定的联系。在不同的虫菌共生体系中，共生菌和昆虫抗药性联系的表现型存在较大的差异。昆虫对抗药性的生理补偿效应会影响共生菌群落组成。反之，共生菌通过提高宿主的适合度，利用自身的解毒作用或通过免疫系统间接调控宿主的解毒能力来影响宿主昆虫的抗药性。多组学和分子生物学技术的发展有助于对共生菌和昆虫抗药性的联系进行更深入的研究。