《应用昆虫学报》

文章标题:基于PacBio Iso-Seq红棕象甲全长转录组测序分析

文章作者:杨红军 胡佳萌 王治博 徐丹萍 卓志航
关 键 词:红棕象甲;转录组;基因组注释;高通量测序
文章摘要:
目的】 建立红棕象甲Rhynchophorus ferrugineus全长转录组数据库,深入挖掘红棕象甲基因数据信息。【方法】 采用高通量测序平台,利用二代测序(Illumina RNA-seq)校正三代测序(PacBio Iso-Seq)的方法对红棕象甲进行全长转录组测序,并对转录组数据进行生物信息学分析。【结果】 红棕象甲全长转录组平均长度为2 302 bp,N90长度为1 321 bp,N50长度为2 785 bp;经CD-Hit程序去冗余,获得转录本63 801条,主要长度范围为0.5-6 k。基因功能注释表明,在NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO、NT和Pfam数据库中,分别有50 280、40 109、47 197、33 511、27 707、27 253 和 27 707条转录本被注释;其中,12 508条转录本均在7个数据库中有注释,54 999条转录本至少在一个数据库有注释。此外,经鉴定或预测,获得2 184个可变剪接(AS)、66 230个SSR、2 084个转录因子(TFs)和9 618条长链非编码RNA(LncRNA)。CDS长度的主要分布范围为0-2 500 nt。【结论】 本研究获得了红棕象甲全长转录组数据库,为红棕象甲后续分子生物学基础研究奠定基础。