【目的】 东方蜜蜂Apis cerana是我国重要的经济昆虫，是生态循环中的重要环节，对其进行种群遗传研究能为东方蜜蜂遗传资源的发现、保护和利用提供基础。广西是我国东方蜜蜂重要的产区和分布区之一。【方法】 本研究通过33个形态标记、38个微卫星标记和tRNA^leu-COⅡ片段的线粒体标记，对广西东方蜜蜂进行遗传分化、特征和遗传多样性分析。【结果】 根据形态逐步判别-聚类分析、主成分-聚类分析，微卫星DAPC、Structure分析、聚类树分析、F_st、AMOVA分析，以及线粒体的F_st分析，结果显示广西东方蜜蜂没有发生种群遗传分化。广西东方蜜蜂的微卫星遗传多样性水平在各样点间较为稳定，但线粒体遗传多样性在广西不同样点间的差异较大。线粒体遗传结构易受人为影响，受人为影响小的9个样点线粒体结构中以Acmt01001为主要单倍型；在活框饲养技术发达的北流样点和北海样点，线粒体遗传结构的主要单倍型有2-3种，且Acmt01001比例不是最高的，这意味着人工育王等人为干扰影响较大。【结论】 在广西环境基本一致且种群数量较大，基因流通畅的条件下，最远距离约650 km的样点间没有发生遗传分化，意味着东方蜜蜂仅由距离导致遗传分化的距离要大于650 km。根据广西东方蜜蜂遗传多样性现状，对广西东方蜜蜂遗传资源保护和利用提出了建议。