【目的】 东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是一种专性侵染成年蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌病原，广泛感染世界各地的蜂群。本研究拟利用已获得的东方蜜蜂微孢子虫纯净孢子的高质量转录组数据进行单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP）和插入缺失（Insertion-Deletion，InDel）位点的鉴定和分析，旨在丰富东方蜜蜂微孢子虫的SNP和InDel信息，并为新型分子标记的开发提供基础。【方法】 使用GATK软件识别东方蜜蜂微孢子虫的SNP和InDel位点。采用SnpEff软件预测变异位点发生的基因组区域及变异产生的影响。通过相关生物信息学软件分别将SNP和InDel位点所在基因分别比对GO和KEGG数据库，获得相应的功能和通路注释。【结果】 共鉴定到28 195个SNP位点，其中发生转换和颠换的SNP位点分别有21 403和6 792个；上述SNP位点的突变类型有12种，其中最丰富的突变类型为C/T；分布在CDS区的SNP位点最多，其次是基因间区、上游区、下游区和内含子区；最丰富的密码子突变类型是同义突变；SNP位点所在基因可注释到代谢进程、细胞组分和催化活性等43个GO条目以及代谢途径、核糖体和等次生代谢产物的生物合成等85条KEGG通路。共鉴定到2 831个InDel位点，其中分布在基因间区InDel位点最多，分布在CDS区的InDel位点最少；最丰富的密码子突变类型是移码突变；InDel位点所在基因可注释到细胞进程、细胞和结合等38个GO条目以及代谢途径、次生代谢产物的生物合成及核糖体等73条KEGG通路。【结论】 东方蜜蜂微孢子虫中存在大量的SNP和InDel位点，SNP位点的突变类型主要为转换，与其他物种类似；SNP与InDel位点的基因组功能元件分布规律和突变类型具有明显差异；SNP和InDel位点所在基因与东方蜜蜂微孢子虫适应宿主细胞内环境及病原增殖过程具有潜在关系。