【目的】 灰茶尺蠖Ectropis grisescens和茶尺蠖E. obliqua是东南亚茶园中重要的鳞翅目害虫，二者形态相似，但茶尺蠖核型多角体病毒（Ectropis obliqua nuclear polyhedrosis virus，EoNPV）对二者的防效存在差异。为深入解析灰茶尺蠖和茶尺蠖基因组水平物种差异特性，本研究利用全基因组测序，组装和注释了灰茶尺蠖和茶尺蠖基因组草图，并开展比较基因组分析。【方法】 通过流式细胞术测定灰茶尺蠖和茶尺蠖的基因组大小；采用Illumina二代测序技术获得2个近缘种低覆盖度基因组测序数据，完成基因组组装和注释后对其进行系统进化和基因共线性分析以及1 018个单拷贝同源基因的正选择分析。同时分析了2种茶尺蠖的病毒抗性基因和化学感受相关基因家族，并对灰茶尺蠖和茶尺蠖的物种特异性序列进行鉴定和验证。【结果】 利用低覆盖度基因组测序数据，组装构建了灰茶尺蠖和茶尺蠖的基因组草图，二者基因组大小约为770 Mb。比较基因组学分析显示，灰茶尺蠖和茶尺蠖的基因数量相似，但重复序列存在差异，分别为52.62%和49.67%。系统发育分析和全基因组共线性分析表明，二者分化时间为318万年前，但未发生明显的染色体重排事件。灰茶尺蠖中与EoNPV抗性相关基因载脂蛋白和组织蛋白酶基因发生了扩增，包括小分子代谢过程通路（GO: 0044281）显著正向选择。【结论】 本研究获得了灰茶尺蠖和茶尺蠖的基因组草图数据，分析结果为研究2个近缘种的适应性进化策略提供了依据，同时也为减少农药的使用和开发绿色茶树害虫防治技术提供了参考。