【目的】 通过对川渝稻区水稻孕穗灌浆期螟虫种类组成情况及大螟Sesamia inferens不同地理种群的遗传结构的分析，了解各地区水稻孕穗灌浆期螟虫发生情况及大螟种群间的亲缘关系，为水稻螟虫的区域治理对策提供新的依据。【方法】 对川渝地区13个市县的水稻螟虫发生情况进行调查及采样，利用MEGA等软件对采集到的大螟样本的线粒体COⅠ基因和COⅡ基因序列进行分析，并构建分子系统发育树，以获取样本群体遗传多样性信息。【结果】 川渝稻区水稻孕穗灌浆期螟虫主要由二化螟Chilo suppressalis、三化螟Tryporyza incertulas和大螟组成，二化螟为优势种群，其次为大螟；而不同地区间螟虫种类和优势度存在差异，其中川西稻区只有二化螟，重庆地区有二化螟和大螟。大螟不同地理种群的遗传多样性分析结果表明，大螟幼虫线粒体COⅠ基因序列在627 bp区段中共有386个多态性位点，包含16个单倍型；川东地区大螟种群的单倍型多样度为0.910 57；系统发育树显示，川东地区（除营山）大螟地理种群聚合为一大分支，其他大螟地理种群聚合为一个大分支。而对同批大螟线粒体COⅡ基因序列分析结果表明，在363 bp的区段中存在228个位点多态性，有10个单倍型；川东地区大化螟种群的单倍型多样度为0.715 79；在系统发育树中，重庆地区种群、杭州地理种群和梓潼种群聚合为一支，其余种群聚合为一支。【结论】 川渝稻区螟虫主要由二化螟、三化螟和大螟组成，二化螟为优势种群，其次为大螟。川东地区大螟线粒体COⅠ和COⅡ基因多态性比其他地区丰富。川渝稻区大螟不同地理种群间的遗传分化距离不明显，地理种群之间的遗传分化与分布之间的相关性不大。