文章标题：草地贪夜蛾基因组微卫星的分布规律

文章作者：张雪莲 王红梅 王 磊 唐瑞祥 岳碧松 孟 杨
关 键 词：草地贪夜蛾；微卫星；基因组；染色体；功能注释
文章摘要：

【目的】 本研究旨在全基因组水平上分析草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda完美微卫星的分布规律并对微卫星位于外显子的基因进行GO功能分析，为开发微卫星标记并进一步开展功能研究提供数据基础。【方法】 利用软件Krait v0.10.2鉴定草地贪夜蛾基因组的完美微卫星并分析其多样性；利用Python脚本对完美微卫星进行定位，分析其在全基因组不同位置的分布规律；进一步利用BLAST软件、Swiss-Prot蛋白质数据库和R包的clusterProfiler v3.14.3工具包对微卫星位于外显子的基因进行GO功能分析。【结果】 共搜索到完美微卫星64 025个，其中以单碱基微卫星为主，有28 782个，其余依次是四碱基（19 278个）、三碱基（7 685个）、二碱基（5 734个）、五碱基（1 639个）和六碱基微卫星（907个），进一步分析发现6类完美微卫星分别以A、AC、ATC、AAAT、AAAAT和AAAGTC重复拷贝类别为主。随着重复拷贝类别碱基数目的增加，完美微卫星偏好的重复拷贝次数范围逐渐变小。除23、28和30号染色体，6类完美微卫星在其余染色体上的分布情况与其总体分布情况相一致，进一步定位于基因间区的完美微卫星有47 714个，定位于基因上的完美微卫星有16 311个，其中内含子区有16 103个，外显子区有208个。完美微卫星位于外显子分布于196个基因，GO注释分析发现，有132个基因得到注释，所得GO条目为357个，其中122个GO条目归于细胞组分；117个GO条目与分子功能有关；118个GO条目参与到生物学过程中。GO富集条目则主要与磷酸酶和激酶活性等分子功能以及RNA聚合酶Ⅱ介导的转录等生物学过程有关。【结论】 本研究初步了解了草地贪夜蛾基因组完美微卫星的分布情况，其基因组完美微卫星的总体相对丰度较低，且大量分布于基因组的非编码区，其中除了单碱基微卫星外，四碱基和三碱基微卫星的相对丰度相对较高，能为开发草地贪夜蛾多态性微卫星标记提供丰富的候选位点。