中国科学技术信息研究所每年出版的《中国科技期刊引证报告》（核心版）发布中国科技论文与引文数据库收录的中国科技论文核心期刊的二十余项科学计量指标，并从1999年开始以此基础，研制了中国科技期刊综合评价指标体系，采用层次分析法，由专家打分确定了重要指标的权重，并分学科对每种期刊进行综合评定。2002年公布了第一届百种中国杰出学术期刊名单，自此之后，连续每年公布百种中国杰出学术期刊。2014年度的评选结果最近揭晓，《应用昆虫学报》入选2013年百种中国杰出学术期刊。

根据2014年出版的《中国科技期刊引证报告》（核心版）有关数据，在总被引频次、影响因子和综合评价总分等期刊评价主要指标上《应用昆虫学报》均在昆虫学、动物学类期刊中排名第一，在全部1989种核心期刊中的综合评价总分排名为第95名。

    为了提高我国科技期刊总体水平，增强国际竞争力，同时也为了更好地对外宣传我国的优秀科研成果，形成开放和凝聚的力量，为我国科技自主创新提供支撑和保障，2012年中国科学技术信息研究所启动了“领跑者5000——中国精品科技期刊顶尖学术论文”项目（F5000项目）。2014年度《应用昆虫学报》被评为“第3届中国精品科技期刊”即中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊，有11篇论文入选F5000。