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基于DNA条形码的物种界定算法比较研究
The reliability of DNA barcoding as a means of identifying Notodontid moth species (Insecta: Lepidoptera, Notodontidae) in Beijing, China in Beijing, Chinaptera, Notodontidae)
金 倩1, 2** 武春生3 陈 芬1 罗桂杰1 蔡卫佳1 刘 旭1 杨采青2
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DOI:10.7679/j.issn.2095-1353.2017.002
作者单位:1. 江苏省农业科学院宿迁农科所,宿迁 223800;2. 首都师范大学生命科学学院,北京 100048;3. 中国科学院动物研究所动物进化与系统学重点实验室,北京 100101
中文关键词:舟蛾科,DNA条形码,物种界定,GMYC,ABGD,jMOTU
英文关键词: Notodontidae, DNA barcoding, species delineation, GMYC, ABGD, jMOTU
中文摘要:

【目的】 为了探究3种常用物种界定方法(jMOTUABGDGMYC)的界定效果方法本研究以中国北京周边地区10个采样点483个舟蛾科样品为例,利用线粒体细胞色素C 氧化酶亚基基因(Cytochrome c oxidase subunitⅠ geneCOCOX1,约650 bp)的部分序列,进行3种物种界定算法(jMOTUABGDGMYC)的实例比较研究。【结果】3种物种界定方法的鉴定效力存在差异,与形态学结果相比较,ABGD方法划分物种的准确率为100%,基于BEASTGMYC模型结果与形态学结果一致,产生的置信区间(64~68)覆盖了形态学的结果(67)。然而,基于d8tree/MPLtreeGMYC方法倾向于高估MOTUsjMOTU方法倾向于低估物种数目。【结论】 结果显示,ABGD方法和基于BEASTGMYC模型方法对于本文研究对象舟蛾科能够较好地划分,可以对基于形态学的物种界定进行有效补充。

英文摘要:

 [Objectives]  To evaluate the performance of three species identification algorithms (jMOTU, ABGD, GMYC) with respect to the Notodontidae (Insecta, Lepidoptera). [Methods]  COⅠ genes from 483 notodontid moth specimens collected from 10 collection sites in Northern China around Beijing were amplified using universal barcoding primers. [Results]  Results obtained using each of the three algorithims differed. Using the results obtained by morphological species identification methods as a reference, the ABGD algorithm was 100% accurate. The results obtained using GMYC_BEAST were also generally consistent with those obtained by morphological methods, having a confidence interval of 64-68 c.f. 67 species identified by morphological methods. However, the GMYC_d8tree/MPLtree method tended to overestimate MOTUs and the jMOTU method tended to underestimate the number of species. [Conclusion]  ABGD and GMYC_BEAST can reliably identify species within Notodontidae on the basis of COⅠ gene variation. 

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