刊期:双月刊
主管单位:中国科学院
主办单位:中国科学院动物研究所,中国昆虫学会
地址:北京市朝阳区北辰西路1号院5号中国科学院动物研究所
邮编:100101
电话:010-64807137
传真:010-64807137
E-Mail:entom@ioz.ac.cn
刊号:ISSN 2095-1353
        CN 11-6020/Q
国内发行代号:2-151
国际发行代号:BM-407
发行范围:国内外公开发布
定价:138元/册
定价:828元/年
银行汇款:中国工商银行北京海淀西区支行
户名:中国科学院动物研究所
帐号:0200 0045 0908 8125 063

您所在位置:首页->过刊浏览->2013年50卷第1期



线粒体基因组数据的分析方法和软件
Methods and software tools for mitochondrial genome assembly and annotation
李雪娟,杨婧,王俊红,任倩,李霞,黄原**
点击:3541次 下载:175次
DOI:
作者单位:陕西师范大学生命科学学院西安710062
中文关键词:线粒体基因组, 拼接, 注释
英文关键词:mitochondrial genome, assembly, annotation
中文摘要:

线粒体基因组的研究已经普及, 其正确的拼接和注释是所有后续研究的基础。本文以Staden Package软件为主介绍了拼接和注释的线粒体基因

组的方法,同时介绍了其他常用的拼接软件ContigExpress、DNAMAN、DNASTAR、BioEdit和Sequencher,以及利用不同软件(包括DOGMA、

MOSAS、MITOS、GOBASE、OGRe、MitoZoa、tRNAscanSE、ARWEN、BLAST和MiTFi等)对线粒体基因组中的蛋白质编码基因、rRNA、tRNA和A+T

富集区进行注释的方法,最后介绍了利用MEGA5软件分析线粒体基因组的组成、Sequin软件提交序列和线粒体基因组数据绘图工具(CG view、

MTviz和OGDRAW)。

英文摘要:

With the increasing popularity of mitochondrial genome studies, the correct assembly and annotation of genomes are the basis

of all subsequent research into a species. Here we describe the protocols using Staden Package software to assemble and

annotate the mitochondrial genome, along with other commonly used software, such as ContigExpress, DNAMAN, DNASTAR, BioEdit

and Sequencher. In addition, methods for the use of different software packages (including DOGMA、MOSAS、MITOS、GOBASE、OGRe

、MitoZoa、tRNAscanSE、ARWEN、BLAST and MiTFi) to annotate mitochondrial genomic proteincoding genes, rRNA, tRNA and the

A+T region are briefly introduced. Finally, application of MEGA5 software to analyze the composition of mitochondrial

genomes, Sequin software to submit sequences to GenBank, and mitochondrial genome data visualization tools (CG view、MTviz

and OGDRAW) are also briefly introduced.

读者评论

      读者ID: 密码:   
我要评论:
版权所有©2024应用昆虫学报》编辑部 京ICP备10006425号
本系统由北京菲斯特诺科技有限公司设计开发
您是本站第9197147名访问者