[Objectives]  To elucidate the genetic characteristics of Apis florea, a wild species of Apis, and evaluate its genetic diversity in China. [Methods]  We used 14 microsatellite DNA markers to compare the genetic similarity of 13 colonies of Apis florea sampled from Yunnan province. A total of 53 alleles were detected. [Results]  The mean number of alleles, mean number of effective alleles, mean expected heterozygosity, mean observed heterozygosity and mean polymorphism information content of 14 loci were 3.7857, 2.9420, 0.5708, 0.2184 and 0.5300, respectively. Phylogenetic and genetic divergence analysis ranked the HH population as the most genetically distinct, followed by the MD and PE populations. Based on Neis genetic distance, all A. florea from Xishuangbanna were one lineage. [Conclusion]  The results indicate a high degree of correlation between the genetic and geographic distance between A. florea populations.